Un ulteriore problema che emerge nel rapporto Stati membri e Unione Europea è quello che sussiste tra Unione Europea e soggetti di diritto interno, quali le regioni, negli Stati regionali come (Spagna o Italia), o gli Stati federali (come in Germania).
Per quanto riguarda il nostro Paese i rapporti tra UE e regioni non sono direttamente contemplati, in quanto la competenza a trattare i rapporti con gli esteri è esclusiva dello Stato (art. 117 Cost.).
Le regioni, tuttavia non sono completamente estromesse da questi rapporti. In particolare, le regioni e le province autonome di Trento e Bolzano, in materia di loro competenza partecipano alla formazione degli atti normativi Ue e alla loro applicazione, nel rispetto delle procedure determinate dallo Stato.
Le rappresentanze territoriali, in particolari, sono garantite nei vari organismi o comitati che vengono coinvolti nelle delegazioni governative, a patto che non minino l’unità della posizione dello Stato.
Inoltre le autonomie, sono sempre coinvolte nei flussi di informazione da parte del governo nelle sedi consone, come il Parlamento o la Conferenza Stato-Regioni.
In forza di ciò, se le regioni fossero autrici di mancata applicazione del diritto UE, il sanzionatore possibile non sarà solo l’Unione stessa, ma potrà essere anche lo Stato, nel principio della leale collaborazione a sanzionare direttamente le regioni che non hanno applicato il diritto europeo, o lo hanno mal interpretato (potere di intervento sostitutivo, nel rispetto del principio di leale collaborazione). In tali casi è competenza del Ministero dell’economia stabilire il quanto dovuto allo Stato per tali infrazione dall’ente che le ha commessi.
Le regioni hanno il diritto, in seconda battuta, di ricorrere alla Corte di Giustizia europea, per proteggersi da quelle intromissioni statali che ritiene illecite. Questo diritto non le fa, tuttavia, includere tra i così detti “ricorrenti privilegiati”. Questo vuol dire che questi enti, a differenza degli Stati membri e degli organi Ue, non possono ricorrere direttamente alla Corte di Giustizia europea, ma debbono necessariamente godere della mediazione del governo, che può concederla o meno, o, in atri casi è obbligato a tale atto introduttivo alla Corte Ue, come quando ciò viene proposto dalla Conferenza Stato-regioni.